浙大原副校长褚健被查，800人为其签名作保
在林建华履新不足4月时，时任浙大党委常委、副校长褚健涉嫌贪污、行贿一案案发。
浙大原副校长褚健涉嫌贪污行贿案可谓给了林建华一个下马威。而褚曾是抵制浙大新校长任命“幕后推手”的传闻，又使得林建华在褚被查一事上不得不面临外界猜想。
2013年10月18日，浙江省人民检察院以涉嫌贪污罪对褚健立案侦查，次日以涉嫌行贿罪对其补充立案，褚健被采取刑事拘留强制措施，11月5日被逮捕。目前，检方对褚健涉嫌贪污、行贿一案已侦查终结，移交湖州市人民检察院审查起诉。
检方对褚案的定性相当严重，称褚健“对抗调查和侦查，社会影响恶劣”。
2014年10月31日，在最高人民检察院新闻发布会上，反贪污贿赂总局局长徐进辉明确指出，1998至2013年间，褚健利用职务之便，实施贪污、挪用公款、行贿、职务侵占、挪用资金、故意销毁会计凭证、会计账簿犯罪，涉案金额特别巨大，犯罪情节严重，且本人在案发期间先后采取行贿、销毁证据等非法手段阻碍、对抗调查和侦查，社会影响恶劣。
褚健，1963年出生，1978年入读浙江大学化工系工业自动化专业，1986年成为浙大化工生产过程自动化及仪表专业与日本京都大学首届博士联合培养第一人。1993年，年仅30岁的褚健晋升为浙大教授，次年成为博士生导师。1999年，他被聘为“长江学者奖励计划”首批特聘教授。
2005年2月，褚健起任浙江大学党委常委、副校长，分管浙大人事处、后勤集团，以及浙大下属企业。
作为国内自动化领域的领军人物，褚健在浙江大学的20余年间，承担了多项国家自然科学基金等项目和课题，曾多次获得国家科学技术进步奖、国家技术发明奖等奖项。2013年7月1日，中国工程院发布公告，各学部经过候选人材料审阅、专业组评审、全学部评审和投票等程序，从560位有效候选人中产生了进入第二轮评审的候选人173位，褚健位列其中。
据《华商报》报道，褚健被捕后，有传言称他正是浙大校友“抵制”新校长任命风波的“幕后推手”。原因在于，浙大原校长杨卫离任后，褚健也成为新校长热门人选之一。
另据澎湃新闻此前报道，在褚健案被移交审查起诉后，浙大教授、师生、浙江中控技术集团有限公司员工等800余人签名愿为褚健取保候审作保。
其中包括中国工程院院士、浙大机械工程系教授杨华勇、管理学院院长吴晓波、海洋学院院长陈鹰等20余位浙大现任教授、中层干部，以及浙大党委原副书记周文骞，原副校长顾伟康，原副校长吴平东等20余位浙大退休领导。
多份愿意为褚健取保候审作保的浙大教授声明提及：褚健可能涉及犯罪的问题都发生在2003年以前，是当时响应国家号召进行产学研结合、大学教师创业初期的事情。根据当时的历史环境和党的相关政策，对很多探索的情况还没有明确、完善的规定。针对这类问题，是否可以给在当时创业的教师们一个相对公平的看待，这样可能有利于我国今后的创新事业的进一步大发展。
如今，褚健案未及善后，林建华却已调离，但他的新岗位同样不会轻松。
方正系列案、燕京学堂风波仍待善后
在林建华新的工作单位北大，同样也有一家校办企业的多位负责人正在接受调查。
他们是北大方正集团有限公司（以下简称“方正集团”）原董事长魏新、首席执行官李友、执行总裁兼CFO余丽和副总裁李国军。
此前，针对“北大方正董事长魏新、首席执行官李友、执行总裁兼CFO余丽、副总裁李国军于（2015年）1月4日中午前被带走”的消息，方正集团1月5日晚发布官方声明称，“魏新、李友、余丽三位董事应相关部门要求协助调查”。
同日，方正集团旗下北大医药股份有限公司（北大医药，000788）公告称，董事长、现年40岁的李国军（李友之弟）应相关部门要求协助调查，暂不能履行董事长职责。
李国军还是方正集团高级副总裁，同时还担任方正系6家公司高管职位。
现年60岁的魏新系方正集团董事长，曾任北京大学教育学院常务副院长、管理科学研究中心副主任、财务部副部长、校办产业管理委员会副主任。魏新1999年进入方正集团，历任方正集团副董事长、方正科技股份有限公司（方正科技，600601）董事长兼总裁。
现年51岁的李友系方正集团董事、执行委员会主席兼首席执行官，曾在中国国家审计机关任职15年，期间主持或参与过40余家大型国企的审计和推荐上市工作，后曾任中国高科集团董事、总裁；2001年进入方正集团，历任方正科技董事、执行总裁、方正集团董事兼执行总裁。
现年39岁的余丽系方正集团董事、总裁，曾在地方政府商务管理部门任职多年，后在多家房地产企业、贸易企业和投资公司担任高级管理职位；2000年进入方正集团，历任河南方正信息技术有限公司董事长、总经理、方正产业控股有限公司总裁、北大国际医院投资管理有限公司总裁。被调查前同时担任中国高科集团股份有限公司董事长（中国高科，600730）、北大资源集团有限公司董事长，以及东莞市三元盈辉投资发展有限公司董事长。
方正集团由北京大学于1986年投资创办，北京大学持股70％，管理层持股30％，拥有北大方正信产集团、北大医疗集团、北大资源集团、方正金融和方正物产集团等5大产业集团。
方正集团目前有35000余名员工，旗下有6家上市公司：方正控股（00418.HK）、北大资源(控股)有限公司（00618.HK）以及方正科技、中国高科、北大医药和方正证券。2013年，方正集团总收入680亿、总资产960亿，净资产339亿。
方正集团称，北京大学充分认可方正集团既定的发展战略和经营模式，也将一如既往地支持方正集团董事会和经营班子，并将更深入更广泛地协调自身资源，给予方正集团全面的支持。
2月2日下午，北京大学党委书记朱善璐到方正集团调研，强调北大人和方正人要学习和发扬王选院士的精神和人格魅力，方正遇到困难是暂时的，方正没倒，也不能倒，也不会倒，也不允许倒。
除方正外，燕京学堂风波的善后也是林建华履新北大后必须面对的另一难题。
燕京学堂，是北大离任校长王恩哥鼎力推进的重大项目。
燕京学堂计划的定位是“具有国际视野的开放、高端的学术研究和人才培养计划”，是“一项植根于北大深厚的历史文化，利用北大人文、社科领域学科完备的优势，为来自海内外一流大学的学生开设的一年制 中国学 硕士学位项目”。
学堂以“中国主体性为基础的国际领导力养成”为培养原则，有“哲学与宗教”、“历史与考古”、“文学与文化”、“经济与管理”、“法律与社会”、“公共政策与国际关系”6个方向的课程体系。课程主要以英文讲授。
然而，这一“高大上”的“中国学”项目，因宗旨、选址、学制、培养模式等问题，甫一推出就激起了北大校内外民意的强烈反弹，其中更是以其选址静园六院的争议最为突出。
2013年开始，北大传出将建住宿式学院“燕京学堂”，打造一年制的“中国学”硕士项目，该学堂面向全球招生。去年5月北大正式启动“北京大学燕京学堂”计划，选址确定在静园六院。随后网上流出修缮效果图，学生认为其像高级会所，恐破坏原貌。
静园草坪及其周边六院建筑，地处北大核心区域，在北大校园里是班级聚会、各类朗读会、社团集会的中心，也是校园爱情的主要承载地，其象征意义与未名湖、博雅塔类似，被视为北大精神之所在。
六院建筑1926年建立，是全国重点文物保护单位“未名湖燕园建筑”的一部分。
为方便与师生充分交流，北大于2014年7月9日召开燕京学堂专题咨询沟通会，时任北大校长王恩哥、常务副校长刘伟到会直面师生质疑。
沟通会进行一个多小时后，王恩哥来到现场并坐在最后面听取师生发言，随后被主持人请到台上。然而麦克风始终在提问师生间传递，当话筒终于递给他时，现场发出一阵嘘声。
半个月后，燕京学堂争议有了初步结果。
7月24日，北大召开党政联席会议，综合各方意见，对燕京学堂计划做出调整：静园一至六院不再用作未来燕京学堂的学生宿舍，而是“作为学校发展人文社会科学及交叉学科的教学科研办公用房”；燕京学堂的学制更改为1至3年，教学语言也不再只强调英文，而是与相关院系合作开设中英文课程。
争议虽暂时停歇，但燕京学堂风波暴露出来的大学治理问题，如大学精神守护无力、教育公平意识缺失、国际影响急于求成、“中国学”界定模糊、校园民意表达不畅等却仍未获有效解决。
而这一切难题，都将降临到这位新任校长——林建华的身上。
